Parafia Świętych Apostołów Piotra i Pawła erygowana została 10 marca 1946 roku przez. księdza Zygmunta Choromańskiego, protonotariusza apostolskiego i zarządcę Archidiecezji Warszawskiej. Fakt ten potwierdził następnie Prymas Polski ksiądz Kardynał August Hlond 29 czerwca 1947 roku. Parafia została utworzona z części parafii Świętej Katarzyny na Służewie. Pierwszy ośrodek duszpasterski w ówczesnych Pyrach istniał już w roku 1922, gdy miejscowi wierni zbudowali drewnianą kaplicę pod wezwaniem. Świętego Antoniego.
Jesienią 1944 roku, po upadku Powstania Warszawskiego, przybył do Pyr bezdomny i schorowany wojennymi przejściami ks. Henryk Kałczyński, angażując się duszpastersko przy istniejącej kaplicy. W takich okolicznościach zrodziła się inicjatywa utworzenia nowej parafii. Od tego momentu zaczęto gromadzić materiał na budowę kościoła, między innymi ze zburzonej kamienicy należącej do rodziców księdza Kałczyńskiego, mieszczącej się przy ul. Marszałkowskiej 20. Odnotowano w kronice parafialnej: „Z różnych stron, ulic i placów zburzonej Warszawy przybywała cegła, którą zwozili mieszkańcy Pyr. Oto ulice, których zrujnowane domy dały swą cegłę na Dom Boży: Koszykowa 11b, Marszałkowska 33, Piusa XI, 9, 30 i 32, Krucza 19 i 21, Wilcza 30, Wspólna 40, Aleje Jerozolimskie, Śniadeckiego 15, Żurawia 13, Plac Mirowski 10, Mokotowska 42, Prądzyńskiego 27, Grzybowska 57, Polna 6, plebania z kościoła Wszystkich Świętych, kościół Matki Boskiej Częstochowskiej przy ul. Łazienkowskiej.” Projekt neoromańskiego kościół o charakterze włoskim opracował prof. inż. arch. Antoni Jawornicki, z którym współpracował inż. Stanisław Credo. Wnętrze kościoła projektował arch. Czesław Sosnowski.
Budowę fundamentów rozpoczęto 9 listopada 1946 r. Złożono pod nim trzy przedwojenne srebrne monety (dwie pięciozłotówki i dziesięciozłotową z wizerunkiem Marszałka Józefa Piłsudskiego). Poświęcenia kamienia węgielnego dokonał Ksiądz Biskup Wacław Majewski w uroczystość Świętych Apostołów Piotra i Pawła, 29 czerwca 1947 r. Akt erekcyjny, zamknięty w mosiężnej łusce pocisku armatniego z II wojny światowej, został zamurowany w filarze z prawej strony prezbiterium.
W roku 1951 r. władze komunistyczne, bez podania przyczyny, nakazały zatrzymanie budowy. Jednak ówczesny Proboszcz, Ksiądz Prałat Kałczyński, wraz z parafianami świątynię wznosili dalej.
Dla upamiętnienia Tysiąclecia Chrztu Polski, w ścianie frontowej wyrzeźbiono napis: „966 — 1966 Wierni Bogu, Krzyżowi i Ewangelii, Kościołowi Świętemu i Jego Pasterzom” oraz nazwy miejscowości i nazwiska parafian najbardziej zasłużonych w dziele budowy świątyni.
Tragiczne wydarzenia grudnia roku 1970 stały się impulsem do podjęcia budowy wieży kościoła, w której zostały umieszczone cztery dzwony. Sygnaturka ważąca 150 kg z roku 1848, pochodząca z pierwszej drewnianej kaplicy. Następnie dzwon „Piotr i Paweł” ważący 1080 kg. Trzeci nosi imię Stefan i waży 553 kg. Ostatni, czwarty dzwon nosi imię „Henryk” i waży 313 kg. Dzwony zostały wykonane w pracowni Braci Felczyńskich w Przemyślu. Uroczystego poświęcenia dzwonów dokonał 1 kwietnia 1973 roku ksiądz biskup Jerzy Modzelewski. 14 lipca tegoż roku na szczycie wieży kościoła na złoconej kuli umieszczono zwycięski Krzyż Chrystusa.
Kościół został konsekrowany 14 września 1973 roku przez Prymasa Polski, Księdza Stefana Kardynała Wyszyńskiego. W trakcie tej uroczystości w mensie ołtarza zamurowano relikwie Świętych Męczenników: Świętej Agnieszki i Świętego Grzegorza.
Od roku 1974 trwają dalsze prace w urządzeniu i wyposażeniu wnętrza świątyni. Między innymi położono dekorację mozaikową w prezbiterium utrzymaną w konwencji bizantyjskiej sztuki starochrześcijańskiej według projektu Bogusława Marszala.
Proboszczowie
- Ks. Henryk Kałczyński w latach 1946 — 1977
- Ks. Marian Duś w latach 1977 — 1986
- Ks. Edward Żmijewski w latach 1986 — 1987
- Ks. Kazimierz Kuracki w latach 1987 — 1996
- Ks. Franciszek Ordak w latach 1996 – 2019
- ks. Ronald Kasowski od roku 2019